C’est du lourd…

L’information en général bien assimilée offre des ouvertures d’esprits, aide à prendre de juste options de vie, rendant ainsi bon nombre d’être humains indépendants de raisonnements des salamalecs médiatiques et leurs faux experts journaleux. MC

Promesses et limites du séquençage de l’ADN

Le séquençage du génome du virus SRAS-CoV-2 a permis d’identifier et de suivre ses mutations. Adaptée au génome humain, cette technologie de pointe suscite beaucoup de promesses et d’investissements.

  • Mais sa prééminence se justifie-t-elle ?
  • Ne conduit-elle pas à négliger des éléments-clés de la santé publique et la recherche des causes socio-économiques ou environnementales des maladies ?

« Je crois que dans cinquante ans, si la société et les soins sont organisés de la même manière, obtenir le génome de la cellule cancéreuse ou le génome du patient sera aussi automatique qu’avoir sa carte d’identité », assure le professeur Jean-Yves Blay dans son bureau du centre de lutte contre le cancer Léon-Bérard, à Lyon.

Après une pause, il ajoute : « Et ça coûtera 100 euros. » Cet oncologue renommé fait montre d’un enthousiasme contagieux quand il parle des vertus du séquençage du génome humain, dont les appareils de nouvelle génération permettent la généralisation.

Deux de ces machines à très haut débit tournent non loin du bureau de M. Blay, dans une salle blanche au rez-de-chaussée de l’hôpital Édouard-Herriot. Hormis l’écran tactile et un bourdonnement puissant, rien n’indique ce qu’il se passe à l’intérieur. Il s’agit de deux NovaSeq 6000 de l’entreprise américaine Illumina, le plus puissant des séquenceurs. Et le plus cher : 1 million d’euros pièce. Ces cubes imposants aux lignes sobres autorisent des examens complets de plus en plus rapides à des coûts unitaires en forte baisse.

Ces machines appartiennent au consortium Auragen, qui regroupe, sous la direction scientifique de M. Blay, les quatre centres hospitaliers de la région Auvergne-Rhône-Alpes ainsi que plusieurs centres de cancérologie et universités. […]

« Pour soigner demain de manière adaptée au capital humain de chacun, nous avons besoin de connaître aujourd’hui le génome de chaque individu », déclarait Mme Marisol Touraine, alors ministre des affaires sociales et de la santé, au moment de la mise en route du plan, en décembre 2016. Dans les objectifs du plan FMG 25, rédigés par l’Alliance nationale pour les sciences de la vie et de la santé (Aviesan), ce dispositif vise également à « éviter que la France perde une opportunité unique de développer une filière industrielle nationale de haute valeur stratégique, médicale, scientifique et économique » dans un contexte de forte compétition internationale (1). Cette « alliance thématique de recherche » créée en 2009 regroupe les principaux instituts français de la recherche dans le domaine des sciences de la vie et de la santé et se définit comme « l’interlocuteur privilégié des industriels de la santé (2) ».

Un monde délivré de la maladie ?

« La science du génome va révolutionner le diagnostic, la prévention et le traitement de la plupart des maladies humaines, sinon de toutes, déclarait M. William Clinton, alors président des États-Unis, lors de la publication des premiers résultats du séquençage d’un génome humain complet, le 26 juin 2000.  […]

Vingt ans plus tard, l’analyse du génome semble encore bien loin de tenir cette promesse d’un monde délivré de la maladie. Les espoirs qu’elle porte ont fini par se cristalliser autour d’un projet de refonte de la prise en charge dont le nom le plus courant est « médecine personnalisée », ou « médecine 4P », comme « personnalisée, préventive, prédictive, participative ».

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En 2015, une étude dénombrait déjà 2 500 séquenceurs à haut débit fonctionnant dans près de 1 000 centres répartis dans 55 pays, et s’inquiétait d’une demande croissante de capacité d’entreposage des données, supérieure à celle de l’astronomie (4). Après avoir mené à bien son programme « 100,000 Genomes Project » en décembre 2018, le Royaume-Uni en a lancé un nouveau, qui promet d’atteindre rapidement les 500 000 génomes séquencés. Les États-Unis visaient un million de génomes en 2022. Chine, Arabie saoudite, Japon, Australie : la liste des pays qui lancent le séquençage de masse s’allonge. Mais où gît exactement la valeur d’une telle démarche ?

« L’hypothèse est que plus on aura d’informations, plus on pourra affiner notre connaissance de la maladie, nous explique M. Blay. On a vraiment deux chaînes de valeur, aujourd’hui, dans le plan FMG 25. Après l’analyse du génome, on décide d’un traitement qu’on donne au patient, et ça marche ou ça ne marche pas. Puis on accumule ces informations et on les met dans le collecteur analyseur de données [CAD], qui va devenir une bibliothèque gigantesque. »

Outil futuriste du « diagnostic assisté par ordinateur », le CAD sera un centre de calcul capable de stocker et de traiter non seulement les données génomiques obtenues, mais aussi toute l’histoire personnelle et familiale du patient, poursuit le professeur : « Toutes ses précédentes maladies, tout ce qu’il prend comme médicaments, son style de vie, s’il fait du sport, s’il est obèse ou maigre… Tout cela est au moins aussi important que les données génomiques. L’outil FMG 25 nous permet d’avoir un patient augmenté ou un médecin augmenté : on voit à l’échelle moléculaire, et donc on peut mieux traiter. »

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Selon les instigateurs de la médecine personnalisée, les disparités de santé entre les individus s’expliquent en bonne partie par leurs génomes. Aux États-Unis et au Royaume-Uni, les programmes de séquençage nationaux intègrent déjà la recherche sur les disparités face au Covid-19. Les différences dans le codage de l’ADN entre deux êtres humains pris au hasard ne représentent pourtant que 1 % de l’ensemble. C’est-à-dire, tout de même, quelques millions de « variants génétiques », dont seuls quelques centaines sont interprétables à ce jour.  […]

En revanche, l’article relève aussi leurs nombreuses limites, que le potentiel d’amélioration des techniques et d’élucidation des problèmes présents ne permettra pas forcément de dépasser. « La pertinence d’utiliser les résultats du séquençage pour prédire, prévenir et traiter la maladie reste un sujet de débat intense, notent les chercheurs. Même pour une maladie comme le diabète de type 1, pour laquelle la majeure partie de l’héritabilité peut être expliquée, le dépistage génétique au niveau de la population n’est pas réalisable, car le nombre de faux positifs dépasserait largement le nombre de vrais positifs. »

Les auteurs expliquent qu’à ce jour « aucune technologie ne permet d’identifier tous les composants génétiques de caractères complexes », ou que l’étude des associations génétiques a une « valeur prédictive clinique limitée ». En outre, l’identification des personnes à risque peut conduire à une impasse lorsque aucun traitement n’est disponible.

Et, si la connaissance d’un risque génétique individuel peut inciter à modifier son mode de vie, le comportement humain demeure complexe et « les tests génétiques ne se traduisent pas nécessairement par de meilleurs résultats cliniques à long terme ». « Tous cancers confondus, quatre-vingts gènes dont la mutation germinale prédispose au cancer ont été identifiés à ce jour. Mais, globalement, ils ne sont la cause que de 5 % des cas de cancer », complète Béatrice Desvergne, biologiste des systèmes complexes à l’université de Lausanne, en Suisse (9).

Le fonds de commerce de cette médecine du futur pourrait être ailleurs. La compilation des informations génétiques, médicales et de celles concernant le mode de vie permet surtout de créer des médicaments à plus grande valeur ajoutée grâce à leur personnalisation. C’est la conclusion de l’Office parlementaire d’évaluation des choix scientifiques et technologiques (OPECST) dans le rapport qu’il a consacré en 2014 aux enjeux scientifiques, technologiques, sociaux et éthiques de la médecine personnalisée (10).  […]

Les quelques études évaluant la médecine personnalisée, notamment en oncologie — un domaine où elle s’applique déjà depuis vingt ans —, ont conclu que son efficacité par rapport à son coût ne relevait pas de l’évidence (12). Cette personnalisation de la médecine reproduit dans l’univers de la santé le modèle de l’économie numérique, fondé sur les vertus du sur-mesure, afin de réduire les coûts de production et de promotion de biens. Le but premier reste de créer la plus forte valeur ajoutée possible : le bon produit, pour la bonne personne, au bon moment. Cette personnalisation se fonde presque exclusivement sur les données quantifiables d’un individu. Elles sont censées permettre la formation d’une représentation virtuelle du patient pour développer des modèles prédictifs et établir des traitements adaptés, qui pourraient même être préventifs.

L’importance des données qualitatives, des ressentis d’une personne sur sa vie et sa santé, ou du contexte économique, social et environnemental, s’en trouve amoindrie, voire menacée de disparition. Ce qui irait à l’encontre de la définition universellement admise au sein de l’Organisation mondiale de la santé : « La santé est un état de complet bien-être physique, mental et social, et ne consiste pas seulement en une absence de maladie ou d’infirmité (13). »  […]

Enjeu avant tout financier

Alors que les prévisions de dépenses de l’assurance-maladie atteignent 219 milliards pour 2021 (17), les 400 millions d’euros alloués pour cinq ans aux deux premières plates-formes publiques de séquençage peuvent sembler dérisoires. Mais le risque de fuite en avant technologique apparaît dans les priorités affichées. D’ores et déjà, on consacre moins de moyens à étudier les déterminants sociaux de la santé et l’efficacité des mesures préventives.

Dès 2014, par exemple, les recherches qui incluaient les mots « gène », « génome » ou « génétique » obtenaient 50 % de budget de plus que celles incluant le mot « prévention » dans les financements accordés par l’Institut national de la santé aux États-Unis, comme le signale Jorge Alberto Bernstein Iriart, anthropologue à l’Institut de santé collective de Salvador de Bahia, au Brésil : « Nos connaissances sur les déterminants sociaux de la santé montrent que les principaux problèmes de santé publique ne seront pas affectés par la médecine personnalisée si on ne s’occupe pas d’une manière efficace des causes sociales sous-jacentes à ces problèmes. »

En mettant l’accent sur des médicaments onéreux, la médecine personnalisée pourrait aller à l’encontre de l’intérêt général, affirme-t-il : « Se focaliser sur l’individu et sur les technologies très coûteuses qui bénéficient à une petite portion de la population ne permettra pas de réduire les plus grands problèmes de santé affectant le monde, mais risque aussi d’accentuer les inégalités, avec la concentration des ressources et des technologies en faveur des couches de la population qui ont déjà un meilleur accès à la santé (18). »

 […]


D’après un article de Raúl Guillén – Journaliste. Le Monde Diplomatique (Sept 2021). Titre original : « L’eldorado de la médecine sur mesure ».

Source (Extraits)


  1. « France médecine génomique 2025 », Aviesan, Paris, 22 juin 2015.
  2. Cf. le site de l’Aviesan, onglet « Partenariats industriels ».
  3. « June 2000 White House event », National Human Genome Research Institute, Bethesda (Maryland), 16 juin 2000.
  4. Stephens D. Zachary et al., « Big data : Astronomical or denomical ? », PLOS Biology, juillet 2015.
  5. Alexandre Piquard et Martin Untersinger, « Données de santé : la plate-forme de la discorde », Le Monde, 3 décembre 2019.
  6. Lire Sébastien Broca, « Le numérique carbure au charbon », Le Monde diplomatique, mars 2020.
  7. « Guidance to member states — Recovery and resilience plans », Commission européenne, Bruxelles, 22 janvier 2021 (PDF).
  8. Vivian Tam et al., « Benefits and limitations of genome-wide association studies », Nature Reviews Genetics, vol. 20, n° 8, Londres, août 2019.
  9. Béatrice Desvergne, De la biologie à la médecine personnalisée. Mieux soigner demain ?, Éditions Rue d’Ulm – Presses de l’École normale supérieure, Paris, 2019.
  10. Alain Claeys et Jean-Sébastien Vialatte, « Les progrès de la génétique : Vers une médecine de précision ? Les enjeux scientifiques, technologiques, sociaux et éthiques de la médecine personnalisée », rapport au nom de l’OPECST, Paris, 22 janvier 2014.
  11. John H. Coote et Michael Joyner, « Is precision medicine the route to a healthy world ? », The Lancet, vol. 385, n° 9978, Londres, 25 avril 2015.
  12. Miriam Kasztura et al., « Cost-effectiveness of precision medicine : A scoping review », International Journal of Public Health, n° 64, Zurich, décembre 2019.
  13. Constitution de l’Organisation mondiale de la santé, New York, 22 juillet 1946 (révisée en 2006).
  14. Jules Romain, Knock ou le Triomphe de la médecine, 1924. Lire Alan Cassels et Ray Moynihan, « Pour vendre des médicaments, inventons des maladies », Le Monde diplomatique, mai 2006.
  15. Xavier Guchet, « Le patient “actionnable” de la médecine personnalisée », Socio-anthropologie, n° 29, Paris, 2014.
  16. Alain Claeys et Jean-Sébastien Vialatte, « Les progrès de la génétique : Vers une médecine de précision ? », op. cit.
  17. Loi n° 2020-1576 du 14 décembre 2020 de financement de la Sécurité sociale pour 2021.
  18. (18) Jorge Alberto Bernstein Iriart, « Precision medicine/personalized medicine : A critical analysis of movements in the transformation of biomedicine in the early 21st century », Cadernos de Saúde Pública, vol. 35, n° 3, Rio de Janeiro, 25 mars 2019.
  19. (19) Steve Sturdy, « Personalised medicine and the economy of biotechnological promise », The New Bioethics, vol. 23, n° 1, Londres, 2 janvier 2017.